2003年商丘財稅學校、商丘市工業學校、商丘商業學校、商丘市體育運動學校、商丘文化藝術學校并入商丘職業技術學院；2007年10月學院被教育部、財政部批準為“國家示范性高等職業院校”立項建設單位。2017年，學院入選河南省國家級優質高等職業院校建設項目。

　　2019年1月，由我院張慎舉教授作為主要完成人、我院作為第二完成單位的科研成果《高產優質小麥新品種鄭麥7698的選育與應用》（編號：J-201-2-05）獲得了2018年度國家科學技術進步二等獎。