橫斷山區地勢復雜，山嶺與河谷之間氣候差別很大。在一些高山峽谷區，從山下的熱帶氣候到高山的亞寒帶氣候，垂直分帶非常顯然。由于高山峽谷區氣候垂直變化顯著，所以植物種類繁多，從熱帶植物或亞熱帶植物一直到高山寒溫帶的植物，都可以見到。其中，僅種子植物就有10000多種。此外，橫斷山區的農作物也豐富多樣，我國所能種植的農作物，一般都可以在這里栽培。