菏澤學院的前身是創建于1949年的冀魯豫區第二師范學校，歷史上曾更名為平原省立菏澤師范學校、山東省菏澤第一師范學校、菏澤師范專科學校。2002年，菏澤師范專科學校、菏澤教育學院、菏澤廣播電視大學3所學校合并，同時并入菏澤師范學校、菏澤農業學校，籌建菏澤學院。2004年，教育部正式批準更名為菏澤學院。2011年，單縣幼兒師范學校、鄆城幼兒師范學校并入菏澤學院。2017年，學校成為省級碩士培育建設單位。