學校由原龍溪師范學校于1958年春設立的師范大專班發展而來，1963年參與合并組建福建第二師范學院，1986年經原國家教委批準復辦福建第二師范學院，并更名為漳州師范學院，2003年獲得碩士學位授予權，2013年4月更名為閩南師范大學。2018年1月，學校新增為福建省2018-2020年博士學位授予培育單位立項建設名單。  2018年，漳州農業學校并入閩南師范大學，設為閩南師范大學圓山校區。